Rozen Maiden narra la historia de Jun, un chico al que le gusta hacer compras por Internet (generalmente objetos malditos y raros). Jun no va a la escuela. Mejor dicho, no sale ni de casa y está constantemente malhumorado. Un día recibe un misterioso paquete con una tarjeta que dice: "aceptas" o "no aceptas". Jun, por supuesto, acepta. Entonces, en el interior de una maleta, Jun encuentra lo que parece ser una muñeca. Pero no es una muñeca común. Al darle cuerda la muñeca comienza a moverse como si estuviera viva. Ella se presenta como Shinku, la quinta de las lejendarias muñecas Rozen Maiden. De pronto, aparece un muñeco payaso que pretende acabar con Jun y este, para poder sobrevivir, se ve obligado a aceptar un contrato con Shinku, convirtiendose en su medium. Otras muñecas aparecerán retando a Shinku al misterioso "Alice Game" con la finalidad de llegar a convertirse en la chica más perfecta que jamás ha existido: Alice, ser que sólo reside en la mente de su creador. Si una de las participantes en el "Alice Game" pierde una batalla, su oponente le arrebatará su Rosa Mística, fuente de su artificial vida, y la perdedora se transformará en una simple muñeca inmóvil. Sólo aquella que consiga todas las Rosas Místicas llegará a ser Alice.

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